Kiai Muhammad merupakan pribadi yang istiqomah. Istiqomah secara sederhana bermakna pribadi yang konsisten, teguh pendirian, mempunyai prinsip hidup yang disandarkan sepenuhnya pada ajaran agama. Terdapat banyak hal yang menunjukkan karakter keistiqomahan Kiai Muhammad, beberapa di antaranya adalah sebagai berikut;

Pertama, keistiqomahannya tampak dalam konteks ibadah. Pribadi yang istiqomah selalu menyertai keimanan di dalamnya, ia selalu menganggap bahwa keistiqomahan  itu merupakan suatu kondisi ketundukan kepada Allah. Keistiqomahan dalam konteks ibadah yang selalu Kiai Muhammad jalani berkaitan dengan ubudiyah ini yang tampak kentara dalam pribadi Kiai Muhammad, yaitu istiqomah dalam sholat berjamaah, istiqomah  membaca al Quran, dan istiqomah dalam qiamul lail, yaitu bangun dan melaksanakan ibadah di waktu sepertiga malam.

Kedua, keistiqomahan Kiai Muhammad juga tampak dalam ta’lim, yaitu mengajar. Keistiqomahan Kiai Muhammad dalam mengajar adalah tampak ketika ia mengorbankan kepentingan-kepentingan yang lain demi mengajar kepada santri-santrinya. Kiai itu tidak hanya mengajar formal saja sebagaimana santri menganji kitab kepadanya setiap hari, namun perilaku keseharian selalu mengajar, baik itu kepada tamu maupun kepada sahabat-sahabatnya, apalagi kepada santri yang memang salalu mencontohnya setiap hari.

Ketiga, keistiqomahan Kiai Muhammad juga tampak dalam pilihan politik. Dari dahulu ia tetap bekiprah dalam memelihara  dan membina Partai Persatuan Pembangunan (PPP). Pilihan  politik terhadap PPP ia lakukan tidak hanya semata karena kebutuhan politik namun dijiwai oleh kepentingan menyebarluaskan agama.

Saking terkenalnya keistiqomahan Kiai Muhammad dalam berbagai hal hingga ada sebuah maqolah berbahasa Madura yang diarabarabkan mengenai keistiqomahan ini. Yaitu istiqomah itu liqulli tomanin nyamanun, bahwa kalau istiqomah itu membiasakan diri, dan kalau sudah terbiasa, maka akan nyaman. Hal ini bermakna bahwa hal apapun yang dilakukan secara konsisten akan memberikan kenyamanan kepada orang yang melakukannya.

Selain keistiqomahan yang telah melekat dalam dirinya, dalam kesehariannya Kiai Muhammad dikenal sebagai pribadi yang sederhana. Kesederhanaan pribadi Kiai Muhammad itu sungguh sangat terasa dan dirasakan banyak orang ketika ia telah menjadi seorang Kiai besar. Tidak hanya itu, sikapnya yang rendah hati dan pandai bergaul membuatnya disukai oleh orang-orang di sekelilingnya.