Filsafat dan ilmu jelas merupakan dua elemen yang sangat berdekatan bahkan dapat dikatakan sebagai satu rumpun saling membesarkan. Filsafat adalah induk ilmu di satu sisi, dan filsafat juga merupakan bagian dan ilmu di sisi lain. Oleh karena itu pembicaraan filsafat dan ilmu bagaikan mendiskripsikan setali satu uang artinya berbicara dalam koridor yang sama. Dari konsep keduanyalah dibangun konsep Filsafat Ilmu. Oleh karena itu menjelaskan Filsafat Ilmu tentunya tidak bisa memisahkan diri dari pembicaraan tentang filsafat dan ilmu.

Berkembangnya isu dikhotomi di dunia pendidikan nasional, sebagai penguatan atas makin melebarnya gap sistem pendidikan yang dipelopori oleh berbagai lembaga yang tumbuh dan berbagai ideologi baik dari agama maupun paham humanistik dengan ciri masih menguatnya perlawanan terhadap eksistensi UU No. 20 tahun 2003 tentang sistem pendidikan nasional. Sistem pendidikan nasional belum seutuhnya dimaknai positif oleh kalangan penyelenggara pendidikan dalam masyanakat. Sebagian masyarakat memberi kesan keharusan adanya kemandirian (otonomi) bagi lembaga atau yayasan dalam penyelenggaraan pendidikannya, sehingga memberi peluang adanya ciri khusus yang diembannya sesuai dengan visi, misi dan tujuan penyelenggara yakni yayasan.

Menatap kondisi diatas memaksa seolah ada dikhotomi/sekat yang tidak bisa dihilangkan antara pendidikan pada umumnya dan sistem pendidikan yang menjadi corak penyelenggaraan pendidikan oleh masyarakat. Hal ini berimplikasi belum adanya keutuhan dalam penyelenggaraan, yang mau tidak mau sistem pendidikan nasional belum sepenuhnya dijadikan patokan yang menyebabkan dikhotomi dan mendua dalam sistem pendidikan
termasuk juga keilmuan. Filsafat Ilmu sebagai kerangka keilmuan yang bersifat universal nampaknya dapat dijadikan dasar berpikir solusif merespon persoalan yang dihadapi oleh lembaga pendidikan secara nasional khususnya di Indonesia menuju terwujudnya sistem pendidikan kebangsaan dan keagamaan.